FEDERAAL NIVEAU
Het algemeen beheer van Intermixt als stichting van openbaar nut wordt verzekerd door de Raad van Bestuur van Intermixt die is samengesteld uit de voorzitters van de aangesloten intercommunales. Dit orgaan wordt tevens de ‘Federale Raad van Voorzitters’ genoemd.
De Raad van Bestuur kan volgens de statuten een aantal bevoegdheden overdragen aan het Federaal Bureau van Intermixt. Het Bureau staat in voor de uitvoering van de beslissingen van de Raad van Bestuur die het dagelijks bestuur van de stichting overstijgt.
Het dagelijks bestuur wordt uitgevoerd door het Algemeen Secretariaat van Intermixt; onder leiding van de Secretaris-Generaal en twee adjuncten.
Het Strategisch Comité van Intermixt heeft tot doel niet-bindende besprekingen te houden over de gas- en elektriciteitssector. Het Comité kan bepaalde bevindingen of aanbevelingen overmaken aan de Raad van Bestuur.
GEWESTELIJK NIVEAU
De opdrachten die Intermixt verricht als overlegplatform voor de gemengde distributie-intercommunales hebben niet alleen een federale maar ook een gewestelijke dimensie. De gewestelijke energiebevoegdheden komen in de Gewestelijke Raden van Intermixt en de Gewestelijke Bureaus van Intermixt aan bod waarin de voorzitters van de gemengde intercommunales (GI's) en financieringsintercommunales (FIC's) zetelen.
Terwijl het Federaal College van Experts - met als voorzitter de federale Raadgever van Intermixt - de federale organen van Intermixt technisch adviseert, staan de Gewestelijke Colleges van Experts en de Gewestelijke Raadgevers in voor de technische adviesverstrekking naar hun gewestelijke raden toe.